Na temat dawnych organów kolegiackich mamy bardzo skąpe wiadomości. W 1604 r. kapituła zawarła z organmistrzem Hansem Kawelem (Kauelem) ze Świętej Siekierki kontrakt na budowę dużych, czyli głównych, organów. Instrument ów był odnawiany w 1650 r. przez Michała Mollera z Gdańska za sumę 1021 grzywien; wysokość wynagrodzenia mogłaby świadczyć wręcz o dokonaniu przebudowy. Nowe organy konsekrowano w 1837 r. Wydaje się jednak mało prawdopodobne, aby tak wcześnie mogła powstać zachowana do dzisiaj szafa. Prospekt należałoby datować na lata około 1870-1880. Na odwrocie tego prospektu odnaleziono, co prawda odręczny podpis organmistrza (nazwisko nieczytelne), położony w maju 1898 r., zapewne dotyczył on jednak naprawy instrumentu. Kolejnej naprawy dokonał w latach 1932-1933 Bruno Goebel z Królewca. Ówczesne organy miały trzydzieści trzy głosy i trakturę pneumatyczną, stół gry był wyposażony w dwa manuały i pedał.
Po 1945 zniszczeniu uległo 75% instrumentu, zostało 960 piszczałek. W latach 1985-1987 renowację i przebudowę organów przeprowadził Marian Nawrót z Wronek, piszczałki labialne wykonał Andrzej Zawadzki z Warszawy, głosy językowe - Czesław Leszczyński z Bydgoszczy; kontuar zbudowała firma Bronisława Cepki z Popowa koło Wronek. Konsultantem naukowym był Marian Dorawa, wybitny znawca i konserwator zabytkowych organów.
Obecne organy kolegiaty są instrumentem koncertowym, czterdziestodziewięciogłosowym, o trakturze elektromagnetycznej, trzech manuałach i pedale; posiadają 3522 piszczałki. Zachowały one pierwotne brzmienie charakterystyczne dla organów niemieckich i stanowią cenny zabytek niemieckiego budownictwa organowego. Rozbudowany instrument - będący wotum parafii dobromiejskiej na jubileusz sześćsetlecia kolegiaty - przy wysokich walorach akustycznych wnętrza rokuje nadzieje na dobre i wszechstronne wykorzystanie tak dla celów liturgicznych, jak też prezentacji muzyki organowej dawnej i współczesnej.
Aktualnie organy powinny przejść kolejną renowację kładącą nacisk na oczyszczenie instrumentu, konserwację, sprawność techniczną, intonację i strojenie. Podczas ostatniej renowacji, w związku z dużym kosztem przeprowadzanych prac zrezygnowano z wymiany stojących mieszków tonowych. Prace te odłożono na późniejszy termin i do dziś nie zostały one wykonane. Żywotność mieszków wynosi 90 lat. Obecne lata stanowią górną granicę ich żywotności. Ich wymiana pozwoli na przedłużenie żywotności organów na kolejne 90 lat.
